SCOP hakkında bilgi

Structural Classification of Proteins (SCOP, Türkçe ''Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması'') veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (''domain'') elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk 1995'de yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.<ref name="pmid7723011">cite journal | author = Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C | title = SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures | journal = J. Mol. Biol. | volume = 247 | issue = 4 | pages = 536-40 | year = 1995 | pmid = 7723011 | doi = 10.1006/jmbi.1995.0159 | issn = </ref><ref name="pmid11752311">cite journal | author = Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG | title = SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 30 | issue = 1 | pages = 264-7 | year = 2002 | pmid = 11752311 | doi = 10.1093/nar/30.1.264 | issn = </ref><ref name="pmid14681400">cite journal | author = Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG | title = SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 32 | issue = Database issue | pages = D226-9 | year = 2004 | pmid = 14681400 | doi = 10.1093/nar/gkh039 | issn = </ref> ==Hiyerarşik yapısı== SCOP sınıflandırma için dört hiyerarşik sınıflandırma seviyesi kullanır: # Sınıf - bölgenin genel yapısal mimarisi. # Katlama - düzgün ikincil yapıların benzerliği, ama evrimsel akrabalık belirtisi yok. # Süperaile - Yapısal ve işlevsel benzerliklerden ıraklaşmış (ing. ''divergent'') evrimsel ilişki çıkarımı yapılabiliyor ama görünür bir dizi homolojisi yok # Aile - dizi benzerliği algılanabiliyor. ==Yapısal sınıflar== Aşağıdaki yapısal sınıflar SCOP'a dahildir: # &alpha;-helical bölgeler # &beta;-sheet bölgeler # α/β domains Başlıca paralel &beta yapraklar meydana getiren "beta-alpha-beta" yapısal birimlerden oluşmuş proteinler # α+β domains birbirinden bağımsız &alpha;-sarmal ve antiparalel &beta;-yapraklardan oluşmuş # çoklu bölgeli proteinler # membran ve hücre yüzeyi proteinleri ve peptitleri ( immün sistemle ilişkili olanlar hariç) # "küçük" proteinler # burgulu burgu (''coiled-coil'') proteinler # düşük çözünürlüklü protein yapıları # peptidler and parçaları # suni dizili tasarlanmış proteinler ==Kaynakça== Reflist

Linkler

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ SCOP İng

http://qscop.services.came.sbg.ac.at/ QSCOP - Yapısal ilişkilere göre nicellenmiş SCOP İng

http://supfam.org/SUPERFAMILY/ SUPERFAMILY Genomları tamamen okunmuş canlılarıdaki SCOP süperailelerinin HMM biçimli listeleri İng

---

Bu makale, online kullanıcı topluluğu tarafından oluşturulan ve düzenlenen özgür ansiklopedi projesi Wikipedia'nın Türkçe versiyonu Vikipedi'deki SCOP maddesinden kopyalanmıştır. Bu makale, GNU Özgür Belgeleme Lisansı ilkeleri kapsamında özgürce kullanılabilir.