Efesli HerakleitosYunan bilimi açısından önemli diğer bir İyonya kenti de Efes'ti. Herakleitos burada doğmuştur. Pek çok yer gezmiş ve sonunda yine doğduğu kente dönmüştür. Çok hacimli olan yapıtı Peri tu Pantos 'u (Bütün Üzerine) Artemis Tapınağı'na saklamıştır. Bu yapıtı o kadar anlaşılmaz bir biçimde yazmıştır ki bu yüzden ho scotenios (karanlık adam) adıyla nitelendirilmiştir. Pers kralı Darios, Herakleitos'u sarayına çağırmış ve kitabında yazmış olduğu görüşleri açıklamasını istemiş. Kitap üç bölümden oluşuyormuş. Bu bölümlerde, evreni, siyaseti, ahlakı ve ilahiyatı ele almış. Diğer doğa filozoflarında olduğu gibi, görünürdeki çeşitliliğe karşın, evrende tözsel bir birliğin var olduğunu ve bu tözün ateş olduğunu savunmuş.
Herakleitos, "Her şey akar." (Panta rhei) diyerek, var olan her şeyin, tıpkı ateş gibi, sonsuz bir akış içinde olduğunu söylemiştir. Duyularımıza çarpan her şey o an için vardır; ancak sonraki anda yok olmakta ve hemen başka bir varlığa dönüşmektedir. Nesneler arasında en akıcı, en esnek olanı ateştir. Ateş yok olurken hava, hava yok olurken su meydana gelir. Güneş, ölümsüz ve sürekli olarak değişen bir ateş kaynağıdır.
Evrendeki düzensizlik, arka alanda yatan harmoniyi (düzen ve uyumu) gizler. Aslında her değişiklik, evrende içkin olarak var olan bir kurala göre gerçekleşir. Her nitelik, bir yerde, karşıtını da içerir. Bu nedenle bugün var olanlar yarın yok olacaktır. Bu karşıtlar, doğanın genel tablosunda bütünleşir ve birleşirler : Gece ve gündüz, yaz ve kış, savaş ve barış, tatlı ve acı, tokluk ve açlık aynı bütünün karşıt görünümleridir. Gerçek olan, araştırılması ve bilinmesi gereken, şu görünen karmaşa değil, görünmeyen harmonidir.
Herakleitos, aslında çok mutsuz bir kişidir; çünkü her şeyin göreli olduğuna ve kaybolup gittiğine inanmıştır.
